Недостатъците на е-терапията са производни на ограниченията, които налага липсата на личен контакт и само словесния обмен на информация между клиент и терапевт. Несловесното общуване е изключително важна част от терапевтичния контакт – както на етапа на първоначалната диагностика, така и на етапа на лечебното въздействие. Поради това е-терапевтите не могат да се ангажират с поставяне на диагнози онлайн, както и не могат да използват цялото богатство на психо-терапевтичните методи за въздействие, които са достъпни в един личен контакт. Традиционната психотерапия в кабинета на специалиста е и си остава най-добрия метод на помощ и лечение при психично страдание. Обръщането към електронна терапия и онлайн консултиране е препоръчително само когато човек не може да си позволи по една или друга причина личното посещение в кабинета на специалист по проблемите на психичното здраве.